细菌非常古老、分布很广泛，自人类诞生的那一刻起，它们就与人类组成了一个平衡而和谐的生态系统。人体内存在的共生微生物，数量超过1000万亿，数量是人体体细胞总数的10倍，它们大都是细菌。肠道是人体最大的一个微生态系统，肠道菌群种类繁多，并且与人体健康建立了密切的联系，肠道微生物菌群又被称为“被忽略的人体器官”，肠道菌群的改变与身体各大系统疾病均有密切关系，是近年来微生物学、医学、基因学等领域最引人关注的研究焦点之一。
肠道菌群与如下疾病有关▼
1、消化系统：炎症性肠病、肠易激综合征、功能性消化不良、结直肠癌、非酒精性脂肪性肝病、肝硬化、胰腺疾病与肠道菌群的关系研究尤为密切。
2、神经系统：自闭症、抑郁症、精神分裂症、神经性厌食症、多发性硬化症、癫痫、帕金森。大量临床研究报道益生元或益生菌能减轻自闭症、抑郁症及其他神经系统疾病的症状。
3、内分泌系统：糖尿病、肥胖。
4、循环系统：动脉粥样硬化。
5、呼吸系统：肺部感染性疾病、支气管哮喘、慢性阻塞性肺病等，其中肠道菌群与机体免疫系统间的关系问题是呼吸系统与肠道菌群间关系的关键。
致病机理▼
肠道中许多细菌对人体是有益的，它们提供人体许多营养物质消化吸收的酶类，促进食物热量的吸收，合成一定的维生素，对上皮细胞的再生和人体的免疫功能起着重要作用。
饮食习惯的改变导致肠道微生态系统改变、菌群的失调，因此改变了微生物代谢产物，其中一些对宿主会产生有害的影响，如使肠道通透性增加，形成全身的慢性、低水平炎症，进一步破坏各脏器功能。但肠道菌群如此庞大，与人体的交互关系如此复杂，关于肠道菌群的更多细节的问题正在研究中。
饮食与肠道菌群▼
影响肠道菌群的因素众多，饮食、年龄、发育、遗传、疾病、抗生素、用药、甚至激素水平和情绪压力都影响并塑造着每个人独特的肠道菌群，但是短期内，饮食内容以及饮食模式被认为是塑造肠道菌群最重要的驱动因素，长期来看，饮食也是调整和干预肠道菌群调整最有效和健康的选择方式。
研究显示，高纤维饮食能有效调节肠道菌群，并能通过此机制促进机体代谢平衡。而高脂肪含量的食物富含磷脂酰胆碱和胆碱，肠道细菌能将其转化成三甲胺，氧化的三甲胺进入血液可导致动脉粥样硬化，从而引发心血管疾病。
饮食建议▼
大量的流行病学研究证实，从传统的植物性食物为主的膳食结构转变为现代动物性食物为主的膳食结构是上述疾病流行的重要因素，合理饮食对调节肠道菌群平衡至关重要。所以《中国居民膳食指南2016》中提出了六条核心推荐条目：
推荐一：食物多样、谷类为主
推荐二：吃动平衡、健康体重
推荐三：多吃蔬果、奶类、大豆
推荐四：适量吃鱼禽蛋瘦肉
推荐五：少盐少油、控糖限酒
推荐六：杜绝浪费
